Los encabezados/pies de los documentos de Words se sitúan la zona de los márgenes superior e inferior respectivamente. Pero la posición inicial y tamaño no están determinados totalmente por el texto del documento ni los márgenes. Lo que suele ocurrir es que el texto del documento quede muy lejos o muy cerca del encabezado. La solución es muy fácil: en el menú Configuración de página tienes la ficha Diseño (como ves en la imagen inferior)...

Por ejemplo, si quieres un encabezado de 1 cm. de alto situado a 3 cm. del borde superior del folio, deberás poner la cantidad como indica la imagen. En la ficha Márgenes un margen superior de 4 cm.